Ngoài ra, nước thải sinh hoạt tại các khu dân cư hầu hết chưa qua xử lý xả thẳng ra kênh, mương và nước thải y tế cũng là nguồn gây ô nhiễm. Khảo sát mới nhất cho thấy, những đoạn sông chảy qua khu vực có các nhà máy đều có thông số ô nhiễm cao hơn quy chuẩn. Tại Hà Nội và khu vực phụ cận, lưu vực sông Cầu, sông Nhuệ, sông Đáy... có nhiều đoạn ô nhiễm tới mức báo động.