Một tình tiết đáng chú ý trong vụ án này mà cơ quan tố tụng đã thu thập được trong quá trình điều tra, đó là riêng Dương Chí Dũng và Mai Văn Phúc, 2 cựu “sếp” của Vinalines được cho là đã nhận 20 tỷ đồng của Trần Hải Sơn, nguyên TGĐ Công ty TNHH sửa chữa tàu biển Vinalines.
Lời khai của một số bị can, nhân chứng, trong đó trực tiếp của bị can Trần Hải Sơn, cũng như tài liệu cơ quan tố tụng điều tra, xác minh cho thấy: Dương Chí Dũng đã 2 lần nhận tiền từ Trần Hải Sơn, mỗi lần 5 tỷ đồng. Lần thứ nhất, khoảng tháng 7- 2008, khi Dũng vào TP.HCM công tác và ở trong 1 khách sạn tại đường Võ Văn Tần, Sơn gọi điện thoại cho Dũng và nói: “Em gặp bác để chuyển ít quà”. Dũng đồng ý. Sau đó, Sơn tự tay xếp 5 tỷ đồng tiền mặt, loại mệnh giá 500.000 đồng vào 1 chiếc va ly có bánh xe, tay kéo, rồi đến khách sạn bằng xe taxi. Tại phòng VIP của khách sạn này, Sơn đưa va ly tiền cho Dũng và nói: “Theo chỉ đạo của bác, hôm nay em chuyển cho bác trước 5 tỷ đồng tiền ụ nổi 83M. Số tiền còn lại em chuyển bác sau”. Dũng nhận va ly tiền, bình thản: “Cảm ơn em!”
Lần đưa tiền thứ hai, cũng 5 tỷ đồng, tại nhà mẹ vợ của Dũng tại Hải Phòng, cách sau lần gặp nhau tại TP.HCM khoảng 3, 4 tuần. Hôm ấy, khi ra Hà Nội, Sơn đến phòng làm việc gặp Dũng và nói: “Em gửi anh nốt số tiền 5 tỷ đồng còn lại. Khi nào anh về Hải Phòng thì em đưa, vì tiền em để ở Hải Phòng rồi”. Dũng đồng ý, hẹn gặp Sơn cuối tuần ở Hải Phòng. Trước khi đến gặp Dũng, Sơn bảo em gái (đang sống ở Hải Phòng), chuẩn bị sẵn 5 tỷ đồng tiền mặt. Em gái Sơn đã chuẩn bị toàn tiền mệnh giá 500.000 đồng, đựng trong túi quà Tết. Sau đó, Sơn tự tay xếp số tiền trên vào trong va ly có bánh xe, tay kéo. Trước khi đến, Sơn gọi điện cho Dũng, hỏi Dũng đã đến nhà mẹ vợ chưa, rồi kéo va ly đi bộ sang nhà mẹ vợ Dũng cách đó chừng 500 mét. Tại phòng khách, Sơn nói: “Em đưa nốt anh số tiền còn lại”. Dũng nhận va ly, tiếp tục: “Cảm ơn em!”
Về việc đưa tiền cho Mai Văn Phúc - nguyên Phó Vụ trưởng Vụ Vận tải, nguyên Tổng giám đốc Vinalines, bị can Sơn khai cũng đã đưa cho Phúc 10 tỷ đồng chia làm 3 lần. Lần đầu tiên tại nhà riêng của Phúc ở làng quốc tế Thăng Long, khoảng tháng 6, tháng 7-2008, số tiền 2,5 tỷ đồng. “Hôm nay em gửi bác trước tiền ụ nổi. Số còn lại em chuyển bác sau”, nguyên TGĐ Công ty TNHH sửa chữa tàu biển Vinalines trình bày. Lần đưa tiền thứ hai của Sơn cũng diễn ra tại nhà riêng của Phúc, số tiền 5 tỷ đồng, cách sau đó khoảng 2, 3 tuần. Lần thứ 3, khoảng cuối năm 2008 âm lịch, Sơn ra Hà Nội công tác. Sau khi liên lạc, biết Phúc đang ở huyện An Dương, Hải Phòng, Sơn hẹn gặp và chuyển số tiền 2,5 tỷ đồng.
Ngoài Dương Chí Dũng, Mai Văn Phúc và Trần Hải Sơn, số bị can bị đề nghị truy tố gồm: Trần Hữu Chiều, nguyên Phó TGĐ Vinalines; Bùi Thị Bích Loan, nguyên Trưởng Ban tài chính kế toán Vinalines; Mai Văn Khang, nguyên Phó TGĐ Công ty TNHH một thành viên Viễn Dương Vinashin; Lê Văn Dương, đăng kiểm viên thuộc Cục Đăng kiểm Việt Nam; Huỳnh Hữu Đức, Lê Văn Lừng, Lê Ngọc Triện; nguyên phó Chi Cục trưởng và cán bộ Chi cục Hải quan Vân Phong, tỉnh Khánh Hòa.
Trong số này, các bị can Dương Chí Dũng, Mai Văn Phúc, Trần Hải Sơn, Trần Hữu Chiều còn bị đề nghị truy tố về tội danh “tham ô tài sản”.
Quá trình điều tra vụ án, CQĐT đã kê biên 4 ngôi nhà của các bị can, trong đó bị can Dương Chí Dũng bị kê biên 3 ngôi nhà gồm căn nhà tại đường Nguyên Hồng, phường Láng Hạ, quận Đống Đa, Hà Nội; căn hộ tại tháp B, toà nhà Sky City, 88 Láng Hạ, Hà Nội; và căn hộ tầng 8, toà nhà Pacific, 83 Lý Thường Kiệt, Hà Nội. Hai căn hộ chung cư cao cấp ở Lý Thường Kiệt và Láng Hạ được Dương Chí Dũng “đầu tư” cho tình nhân tên Th. Căn hộ còn lại bị kê biên là của bị can Mai Văn Phúc, tại phường Bạch Đằng, TP Hạ Long, Quảng Ninh.
