Trong hai cấu hình trên, phiên bản phố biến nhất 9K720 Iskander-M là hệ thống tên lửa đạn đạo tầm ngắn sử dụng đạn tên lửa tấn công đất đối đất 9M723.
Loại tên lửa này có trọng lượng 3.800 kg, dài 7,3 m, đường kính thân 0,92 m, mang theo đầu đạn nổ mạnh trọng lượng 480 - 700 kg, tầm bắn lớn nhất của phiên bản này lên tới 500 km.
Theo thông tin từ phía Nga, đạn tên lửa của Iskander-M được ứng dụng công nghệ tàng hình plasma tiên tiến nhất thế giới, đi kèm hệ thống dẫn đường Glonass kết hợp tinh chỉnh bằng đầu dò quang điện tử giai đoạn cuối, cho độ sai lệch mục tiêu chỉ 5 m.
Bên cạnh đó, khi cần thiết Iskander-M có thể lắp đặt cả đầu đạn hạt nhân công suất nhỏ, khiến nó trở thành thứ vũ khí có độ răn đe rất cao khi được triển khai tại Kaliningrad.
Trong khi đó Iskander-K là biến thể mang tên lửa hành trình 9M728, loại đạn tấn công này có độ cao hoạt động khoảng 6 km, tầm bắn tối đa 500 km.
Ngoài ra Iskander-K còn được trang bị thêm đạn tên lửa R-500 có khả năng vươn tới tầm xa 2.500 km, tức là còn vượt trội cả BGM-109 Tomahawk TLAM của Mỹ.
Do sử dụng chung khung gầm MZKT-7930 nên đã xuất hiện nhiều dự đoán cho rằng thực chất vũ khí trên đã được thử lửa lại Syria dưới vỏ bọc của tổ hợp tên lửa phòng thủ bờ biển Bastion-P khi dùng để tấn công các mục tiêu trên bộ của IS.
Hiện tại, biên chế tiêu chuẩn của Quân đội Nga sẽ là 5 xe mang đạn Iskander-M đi kèm 1 xe mang đạn Iskander-K tạo thành biên đội tác chiến cực mạnh.
Tuy nhiên có lẽ để gia tăng tính linh hoạt mà mới đây tại Diễn đàn quân sự Army 2017, người Nga đã cho triển lãm một xe phóng của Iskander mang cả hai loại đạn trên.
Với cấu hình này, một xe mang phóng tự hành có thể tấn công đa dạng nhiều mục tiêu từ các cự ly khác nhau thông qua đạn tên lửa 9M723 hoặc R-500 hay 9M728.
Cách làm này có tác dụng cung cấp nhiều lựa chọn hơn cho kíp chiến đấu, đồng thời giảm tải số lượng xe phóng trong biên đội khi cần thiết.
Phiên bản “Iskander lạ” trên có lẽ sẽ nhận định danh Iskander-M-K, hiện chưa rõ Nga có ý định xuất khẩu biến thể đặc biệt này ra nước ngoài hay không?