Sau khi được các cơ quan có thẩm quyền cho phép, Viện Kiểm sát Nhân dân tối cao phê chuẩn, trước khi cơ quan điều tra triển khai thi hành lệnh bắt, khám xét, chiều 17/5/2012 Dương Chí Dũng đã bỏ trốn. Cơ quan điều tra Bộ Công an đã kiên trì thuyết phục gia đình, thân nhân của Dương Chí Dũng vận động đối tượng ra đầu thú, nhưng không có kết quả. Ngày 18/5/2012, Cơ quan điều tra Bộ Công an đã phát lệnh truy nã đặc biệt số 01/C48-P2 trong toàn quốc, đồng thời phối hợp với tổ chức Cảnh sát Hình sự quốc tế (Interpol) ban hành lệnh truy nã quốc tế đối với Dương Chí Dũng.
Ông Dương Chí Dũng
Thực hiện chỉ đạo của đồng chí Bộ trưởng Bộ Công an, sau một thời gian khẩn trương tiến hành các biện pháp truy bắt, ngày 4/9/2012, Cơ quan điều tra Bộ Công an đã bắt giữ được Dương Chí Dũng. Hiện nay, Cơ quan điều tra Bộ Công an đang khẩn trương điều tra, làm rõ để xử lý theo quy định của pháp luật.
Cơ quan điều tra Bộ Công an kêu gọi, những ai có hành vi che giấu, tiếp tay cho Dương Chí Dũng bỏ trốn, nếu ra tự thú sẽ được hưởng khoan hồng.
Ngay sau khi bắt được Dương Chí Dũng, đồng chí Thượng tướng Trần Đại Quang, Bộ trưởng Bộ Công an đã khen thưởng kịp thời cho các tập thể, cá nhân có thành tích bắt giữ Dương Chí Dũng.