Theo Tiến sĩ Nguyễn Văn Sơn - Giám đốc Trung tâm Bảo tồn Di sản Thăng Long Hà Nội, riêng khu di chỉ Khảo cổ học 18 Hoàng Diệu (diện tích 4,53ha) có hai cơ quan cùng quản lý. UBND thành phố Hà Nội quản lý diện tích 3,23ha từ tháng 7-2010 trong đó có hiện trạng khu A-B thuộc Khu khảo cổ học 18 Hoàng Diệu (từ tháng 12-2011). Viện Hàn lâm Khoa học Xã hội Việt Nam quản lý 1,3ha khu C - D và toàn bộ tài liệu, di vật, hồ sơ khoa học của Khu di chỉ khảo cổ. Dự án khai quật này đã được thực hiện từ năm 2002, tuy nhiên đến nay vẫn chưa có báo cáo khoa học, chưa kiểm kê để nắm vững số hiện vật, số loại di vật và chưa bàn giao cho cơ quan quản lý. Chính vì thế cũng gây ảnh hưởng đến việc tổ chức trưng bày, phát huy giá trị.
Để đảm bảo thực hiện cam kết với UNESCO nhất thể hóa quản lý Khu trung tâm Hoàng thành Thăng Long, Bộ VH-TT&DL đã có báo cáo gửi Thủ tướng Chính phủ, trong đó có kiến nghị: Viện Hàn lâm KHXH Việt Nam phối hợp với UBND thành phố Hà Nội tổng kiểm kê di tích, di vật bàn giao toàn bộ tài liệu, hiện vật, mặt bằng tại Khu di tích Khảo cổ 18 Hoàng Diệu cho Trung tâm Bảo tồn di sản văn hóa Thăng Long - Hà Nội trong năm 2013.
