Đề án được chia làm hai giai đoạn. Giai đoạn 2018-2020, 100% trường học xây dựng và thực hiện bộ quy tắc ứng xử do Bộ Giáo dục và Đào tạo ban hành, phù hợp với điều kiện và đặc trưng vùng miền của mỗi nhà trường. Hàng năm, có ít nhất 90% cán bộ quản lý, nhà giáo, nhân viên, học sinh, sinh viên được phổ biến, học tập các vấn đề liên quan đến văn hóa ứng xử. Ít nhất 90% cán bộ quản lý, nhà giáo, nhân viên, cán bộ công đoàn giáo dục, đoàn thanh niên, hội sinh viên, đội thiếu niên trong nhà trường được bồi dưỡng nâng cao năng lực ứng xử văn hóa và có năng lực tốt trong tổ chức giáo dục văn hóa ứng xử trong trường học. Có ít nhất 90% trường học đạt tiêu chuẩn xanh, sạch, đẹp, an toàn, lành mạnh, thân thiện, góp phần xây dựng môi trường văn hóa trong nhà trường. Giai đoạn 2021-2025 đặt mục tiêu nâng các tỷ lệ trên lên đạt 95% đến 100%.
Chính phủ giao Bộ Giáo dục và Đào tạo là đơn vị thường trực, chủ trì, phối hợp với các Bộ, ban, ngành, ủy ban nhân dân các tỉnh, thành tổ chức thực hiện.