Kết quả điều tra xác định: Quá trình Bộ Y tế tiếp nhận, thẩm định hồ sơ xin cấp Số đăng ký lưu hành kít xét nghiệm cho Công ty Việt Á, theo đề nghị của Phan Quốc Việt, Tổng Giám đốc Công ty Việt Á, ông Nguyễn Huỳnh, Phó Trưởng phòng Quản lý giá, Cục Quản lý dược, Bộ Y tế đã có hành vi lợi dụng vai trò là Thư ký của ông Nguyễn Thanh Long, (thời kỳ làm Thứ trưởng Thường trực Bộ Y tế) giới thiệu, can thiệp và tác động đến ông Nguyễn Minh Tuấn, Vụ trưởng Vụ Trang thiết bị và công trình y tế trình, ký đề xuất Bộ Y tế ban hành Quyết định cấp Số đăng ký lưu hành kít xét nghiệm cho Công ty Việt Á trái quy định của pháp luật.
Ngày 25/5/2022, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã ra Quyết định khởi tố bị can, Lệnh bắt bị can để tạm giam, Lệnh khám xét đối với ông Nguyễn Huỳnh về tội "Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ" quy định tại Khoản 3 Điều 356 Bộ luật Hình sự năm 2015, sửa đổi bổ sung năm 2017.
Sau khi Viện Kiểm sát nhân dân tối cao phê chuẩn, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã thi hành các Quyết định, Lệnh nêu trên đúng quy định của pháp luật. Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đang tiếp tục điều tra, mở rộng vụ án, rà soát, kê biên, phong tỏa tài sản của các đối tượng để đảm bảo triệt để thu hồi tài sản cho Nhà nước.