Tổng cục Quản lý thị trường (QLTT) được tổ chức thành hệ thống ngành dọc từ Trung ương đến địa phương, bảo đảm sự chỉ đạo, lãnh đạo, điều hành của Bộ trưởng Bộ Công Thương theo nguyên tắc tập trung thống nhất.
Mặc dù thành lập Tổng cục QLTT nhưng quan điểm của Chính phủ là giữ ổn định, không phát sinh tăng đầu mối, biên chế, thực hiện hiệu quả nhiệm vụ kiểm tra, kiểm soát, đấu tranh chống các vi phạm về kinh doanh hàng hóa nhập lậu, hàng giả, hàng cấm, hàng kém chất lượng, chống gian lận thương mại và bảo vệ quyền lợi người tiêu dùng.