Việc thí điểm sẽ được triển khai tại 100% số đơn vị hành chính cấp huyện, cấp xã của thành phố Hà Nội và Thành phố Hồ Chí Minh.
Đối với 7 tỉnh, thành phố gồm Hải Phòng, Đà Nẵng, Cần Thơ, Thanh Hóa, Hà Tĩnh, Đồng Nai, Gia Lai, thí điểm tại không quá 25% số đơn vị hành chính cấp huyện thuộc đơn vị hành chính cấp tỉnh và không quá 20% số đơn vị hành chính cấp xã thuộc đơn vị hành chính cấp huyện. Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quyết định đơn vị hành chính cấp huyện, cấp xã thực hiện thí điểm thanh tra chuyên ngành an toàn thực phẩm.
Thời gian thực hiện thí điểm là một năm; thời điểm bắt đầu thực hiện thí điểm sau sáu tháng kể từ ngày 10/1/2019.