Cũng theo Bộ NN&PTNT, việc tăng phí cũng nhằm để khắc phục những bất hợp lý trong hoạt động kiểm soát, kiểm dịch sản phẩm thú y, thủy sản tạm nhập tái xuất. Cụ thể, Bộ NN&PTNT đề nghị sửa lại mức phí kiểm tra, giám sát hàng động vật, sản phẩm động vật và hàng thủy sản tạm nhập tái xuất, chuyển cửa khẩu, kho ngoại quan, quá cảnh lãnh thổ Việt Nam từ hai mức 31.500 đồng và 35.000 đồng lên mức chung là 65.000 đồng cho mỗi ôtô, toa tàu, container.
Tương tự, mức thu lệ phí cấp giấy chứng nhận kiểm dịch động vật, sản phẩm thủy sản xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh, tạm nhập tái xuất, chuyển khẩu… nâng lên 70.000 đồng/lần. Song, với hàng hóa thủy sản đông lạnh là nguyên liệu để chế biến, Bộ NN&PTNT đề nghị sửa đổi mức phí kiểm dịch theo hướng giảm chi phí từ 100.000 đồng đến dưới 3 triệu đồng/lô hàng, tùy trọng lượng.
