Vào khoảng thời gian trên, tàu SE5 đang chạy theo hướng Bắc-Nam, đến đoạn Km 28+250 trước cửa số nhà 314, đường Ngọc Hồi, thị trấn Văn Điển thì thấy một phụ nữ đang định băng qua đường tàu. Trưởng tàu đã kéo còi và phanh nhưng không kịp. Người phụ nữ này đã bị đầu tàu húc vào và bắn xa khoảng 50m, tử vong tại chỗ.
Một nhân chứng chứng kiến toàn bộ sự việc cho biết: “Lúc đó, chuông báo động kêu và đoàn tàu đang chạy tới thì tôi thấy một người phụ nữ đang đi bộ rất chậm từ một cửa hàng may gần đó ra, mắt chăm chú nhìn gì đó phía trước và định băng qua đường tàu. Tôi đã hét rất to, báo cho người phụ nữ kia biết, nhưng không thấy người phụ nữ này có phản ứng gì. Tôi chạy ra định kéo người phụ nữ này lại nhưng không kịp”. Nạn nhân được xác định là bà Nguyễn Thị Thúy (53 tuổi, quê ở tỉnh Thái Bình, hiện đang trú tại phường Lĩnh Nam, quận Hoàng Mai, Hà Nội), bác sĩ của bệnh viện Đa khoa Thanh Trì. Hiện cơ quan chức năng đang tiếp tục điều tra làm rõ nguyên nhân vụ tai nạn.