Theo đó, người đứng đầu, cấp phó của người đứng đầu nếu để xảy ra vụ, việc tham nhũng trong cơ quan, đơn vị do mình quản lý, phụ trách thì tùy theo tính chất, mức độ của vụ, việc sẽ bị xử lý kỷ luật. Trường hợp người đứng đầu, cấp phó của người đứng đầu cơ quan, tổ chức, đơn vị là cán bộ, công chức, viên chức và người quản lý doanh nghiệp nhà nước thì bị xử lý kỷ luật bằng một trong 3 hình thức: Khiển trách; cảnh cáo; cách chức.
Nghị định nêu rõ, nếu người đứng đầu và cấp phó không thể biết hoặc đã áp dụng các biện pháp cần thiết để phòng ngừa, ngăn chặn hành vi tham nhũng thì được loại trừ trách nhiệm trong trường hợp đã chủ động phát hiện và xử lý hành vi tham nhũng theo quy định hiện hành.