Kết luận của Thanh tra Chính phủ về công tác quản lý Nhà nước về liên doanh, liên kết đào tạo đại học và sau đại học cho thấy có tới gần 50% các chương trình liên kết đào tạo trong nước được thanh tra chưa hề được cơ quan quản lý, tức là Bộ GD-ĐT cấp phép. Điều này cũng có nghĩa chất lượng của những chương trình này chưa được kiểm chứng và cũng không nằm trong tầm quản lý của cơ quan Nhà nước.
Đáng nói là đơn vị cung cấp chương trình này đều nằm trong số những trường đại học công lập có tiếng. Còn với 118 chương trình của 94 đối tác nước ngoài liên kết với 18 trường ĐH trong nước thì Thanh tra Chính phủ cũng chỉ ra có 5 trường được xếp hạng cao trong khu vực và trên thế giới. Hầu hết các đối tác còn lại chưa được xếp hạng hoặc có thứ hạng thấp hơn các trường trong nước. Trong khi đó, học phí của chương trình liên kết đào tạo với nước ngoài có mức phổ biến từ 8.000 USD đến 10.000 USD/khóa học và cao nhất lên tới 13.500 USD/ khóa. Kết luận của Thanh tra Chính phủ khẳng định mức thu đối với học viên cao nhưng chất lượng đào tạo không tương xứng với mức đóng góp của học viên.
Bên cạnh một sự thật được Chủ nhiệm Uỷ ban Văn hóa, giáo dục, thanh niên, thiếu niên và nhi đồng Đào Trọng Thi đưa ra là các trường đại học Việt Nam thường không chọn được những đối tác có chất lượng cao vì chi phí rất lớn, không phù hợp với hoàn cảnh của Việt Nam thì rõ ràng có tình trạng chạy theo lợi nhuận, không quan tâm đến chất lượng. Đây cũng là biểu hiện mặt trái của sự phát triển quá nóng trong các trường đại học cùng với chủ trương tăng quyền tự chủ. Việc các trường được tự chủ tài chính là để tạo điều kiện có thêm nguồn thu hỗ trợ ngân sách Nhà nước góp phần tăng thêm vốn đầu tư cơ sở vật chất, cũng như nâng cao thu nhập cán bộ, giảng viên. Tuy nhiên cũng chính vì quá tập trung vào tăng nguồn thu nên các trường đang để mở cho những vi phạm trong liên kết đào tạo, một trong những hình thức đào tạo đang tạo ra nhiều lợi nhuận nhất.