Bến xe Yên Sở nằm ngoài tuyến đường vành đai 3, xa nút giao Pháp Vân, một điểm nóng về ùn tắc tại Thủ đô. Một trong những yêu cầu của thành phố Hà Nội đưa ra với bến xe mới này là phải giải tỏa được áp lực của hoạt động vận tải hành khách liên tỉnh lên giao thông nội đô.
Bến xe Yên Sở đang xây dựng sẽ đón các tuyến vận tải hành khách liên tỉnh từ các tỉnh phía Bắc ngay khi vượt qua sông Hồng. Còn từ hướng Nam, ngay khi tiếp cận thành phố, xe khách sẽ chuyển hướng ra xa trung tâm. Bến xe xây mới này được quy hoạch thay thế cho bến xe phía Nam, bến xe Nước Ngầm và sẽ trở thành nơi chung chuyển cho xe buýt