BCĐ có trách nhiệm tổ chức, hướng dẫn việc thực hiện nhiệm vụ của Đề án tổng thể bảo vệ môi trường lưu vực sông Nhuệ, sông Đáy. Đồng thời, hướng dẫn việc thực hiện các dự án, chương trình, kế hoạch hành động trong năm kế hoạch và những năm tiếp theo thuộc Đề án theo nguyên tắc phối hợp giữa các sở, ngành và UBND các quận, huyện, thị xã trên lưu vực hai con sông này. BCĐ cũng thực hiện việc kiểm tra, đánh giá việc thực hiện các chương trình, kế hoạch và kiến nghị sửa đổi, bổ sung các nội dung của Đề án nếu chưa phù hợp. Tại kỳ họp vừa qua, Quốc hội đã thông qua khoản kinh phí 10.100 tỷ đồng dành cho bảo vệ môi trường một số lưu vực sông đến năm 2015, trong đó có lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy.
