Theo quy hoạch, các bến xe Giáp Bát, Gia Lâm, Nước Ngầm và Mỹ Đình được chuyển thành các bãi đỗ xe công cộng và bãi trung chuyển. Trong đó, bến xe Giáp Bát, Gia Lâm sẽ đóng cửa từ năm 2020, hai bến còn lại dừng hoạt động từ năm 2030.
Để đáp ứng nhu cầu đi lại của nhân dân, thành phố sẽ xây dựng 6 bến xe khách liên tỉnh trên các địa bàn huyện: Sóc Sơn, Đông Anh, Gia Lâm, Đan Phượng, Hoài Đức,Thanh Trì, ngoài ra tiếp tục duy trì hoạt động Bến xe Yên Nghĩa.
Dự kiến, quy hoạch sẽ được bổ sung, hoàn thiện và ban hành trong năm 2017.