Theo Sở GTVT Hà Nội, xe khách tuyến cố định đăng ký, nhưng hoạt động không bảo đảm số chuyến theo biểu đồ xuất phát từ nhiều nguyên nhân, trong đó chủ yếu là do các đơn vị vận tải đăng ký khai thác tuyến cố định để được cấp phù hiệu “xe chạy tuyến cố định”, sau đó không đưa phương tiện vào hai đầu bến xe mà cố tình ra ngoài bến để hoạt động đón trả khách sai quy định. Đặc biệt, vào những ngày lễ, Tết, do nhu cầu tham quan, du lịch tăng cao dẫn đến việc các đơn vị vận tải sử dụng xe chạy tuyến cố định để hợp đồng chở khách.
Bên cạnh đó, chế tài xử lý nhà xe bỏ bến hiện chưa đủ sức răn đe vì chưa có chế tài mạnh hơn như đình chỉ khai thác tuyến vĩnh viễn. Ngoài ra, theo quy định, một số địa phương vẫn cấp song song 2 loại phù hiệu “Xe hợp đồng” và “Xe chạy tuyến cố định” cho cùng một phương tiện, trong khi việc quản lý, giám sát bằng dữ liệu phần mềm hiện chưa đáp ứng đúng và đủ so với điều kiện thực tế.