Trước mắt, các bến xe hiện có (trong khu vực đường Vành đai 3) được tạm thời giữ lại tiếp tục khai thác trong giai đoạn quá độ và chỉ nâng cấp, cải tạo trên cơ sở quy mô như hiện nay. Cụ thể, Bến xe Gia Lâm, Giáp Bát dự kiến sau năm 2020 và Bến xe Mỹ Đình sau năm 2025, sẽ chuyển thành bãi đỗ xe, điểm đầu cuối xe buýt, phục vụ vận tải hành khách nội đô. Bến xe Nước Ngầm dự kiến sau năm 2025 chuyển thành đầu mối giao thông công cộng.
Để thay thế, Hà Nội sẽ xây mới hàng loạt bến xe khách liên tỉnh theo các hướng vận chuyển hành khách Đông, Tây, Nam, Bắc. Đồng thời, vùng lõi đô thị từ Vành đai 3 trở vào sẽ được ưu tiên cho các bãi đỗ xe ngầm, bãi đỗ xe cao tầng nhằm sử dụng tối đa diện tích đất hiện có.