Trước đó, từ ngày 2/1/2017, Hà Nội đã tổ chức đợt sắp xếp, điều chuyển luồng tuyến xe khách liên tỉnh trên địa bàn thành phố với tổng cộng 691 nốt xe (tương ứng với 20.396 chuyến/tháng). Đến nay, còn hơn 50 nốt xe cuối cùng chạy trên các tuyến đi Ninh Bình chưa được điều chuyển. Dự kiến trong thời gian tới, các xe tuyến Ninh Bình đang hoạt động tại bến Nước Ngầm, Mỹ Đình sẽ được di chuyển về bến Giáp Bát.
UBND TP Hà Nội cũng đang lên phương án và sẽ sớm tiếp tục cơ cấu lại các tuyến xe khách liên tỉnh như Nam Định, Thái Bình, Thanh Hóa giữa 2 bến xe Giáp Bát và Nước Ngầm theo nguyên tắc các tuyến của mỗi tỉnh về một bến xe; tuyến có cự ly ngắn về bến xe Giáp Bát, cự ly dài về bến xe Nước Ngầm; đảm bảo khả năng tiếp nhận của bến xe cũng như công tác tổ chức giao thông.