Theo đó, UBND TP Hà Nội giao Giám đốc Sở Y tế Hà Nội chỉ đạo Trung tâm Kiểm soát bệnh tật thành phố tiếp nhận bàn giao nguyên trạng từ TTYTDP Hà Nội, Bệnh viện Phụ sản Hà Nội. Việc tiếp nhận nhân sự phải căn cứ vào điều kiện tiêu chuẩn, năng lực chuyên môn nghiệp vụ, vị trí việc làm, bố trí cán bộ công chức, viên chức và lao động hợp đồng của Trung tâm theo đúng quy định.
Sau khi thành lập, Trung tâm Kiểm soát bệnh tật thành phố Hà Nội là đơn vị sự nghiệp y tế công lập hạng 1 trực thuộc Sở Y tế, có chức năng tham mưu và tổ chức thực hiện các hoạt động chuyên môn, kỹ thuật, nghiệp vụ về phòng, chống dịch, bệnh truyền nhiễm; bệnh không lây nhiễm; phòng, chống tác động của các yếu tố nguy cơ có ảnh hưởng tới sức khỏe; quản lý sức khỏe cộng đồng.