Dự án này dự kiến vận hành chạy thử kỹ thuật từ ngày 2/9/2018, vận hành khai thác thương mại từ tháng 11/2018, chậm khoảng 11 tháng so với kế hoạch được Chính phủ và Bộ GTVT điều chỉnh hồi tháng 2/2017.
Nguyên nhân khiến dự án liên tục bị lùi tiến độ là do gặp khó khăn về nguồn vốn giải ngân, đặc biệt là hiệp định vay bổ sung 250,62 triệu USD cho dự án được ký kết từ ngày 11/5/2017 nhưng chưa thể giải ngân do các bên vẫn chưa thống nhất được về cơ sở pháp lý.
Hiện các vướng mắc về giải ngân vốn cơ bản được giải quyết. Bộ GTVT cũng đã có ý kiến đề nghị tổng thầu EPC - Công ty hữu hạn Tập đoàn Cục 6 đường sắt Trung Quốc tăng cường năng lực quản lý, thi công để đảm bảo tiến độ mới.
Dự án đường sắt đô thị Cát Linh - Hà Đông có tổng chiều dài gần 13 km, gồm 12 nhà ga đi toàn bộ trên cao, với tổng mức đầu tư hơn 868 triệu USD, tổng mức đầu tư này tăng hơn 300 triệu USD.