Trước đó, Công ty Cổ phần BOT Vietracimex 8 đã có văn bản gửi Bộ Giao thông, Tổng cục Đường bộ đề xuất hai phương án tăng giá phí qua trạm. Một là thu phí 19 năm, chủ đầu tư muốn thu tăng lần lượt là 2,5 lần, 3 lần, 3,5 lần so với mức hiện nay, từ ngày 1/1/2018 đến năm 2030. Hai là thu phí trong 17 năm, chủ đầu tư muốn tăng mức thu lên 3 lần mức hiện nay, từ ngày 1/1/2018 đến hết năm 2020, sau đó tăng lên 4 lần đến năm 2028. Đề xuất này vấp phải nhiều ý kiến phản đối.
Trước vấn đề này, Bộ Giao thông vận tải yêu cầu chủ đầu tư là Công ty CP BOT Vietracimex 8 làm việc với Tổng cục Đường bộ và đơn vị liên quan quyết toán dự án, xử lý tồn tại về mức phí và điều chỉnh hợp đồng dự án BOT quốc lộ 1, đoạn tránh thành phố Vĩnh Yên, tỉnh Vĩnh Phú và minh bạch thông tin dự án.
Bộ GVT khẳng định, việc điều chỉnh mức phí tại trạm Bắc Thăng Long - Nội Bài chỉ được xem xét sau khi chủ đầu tư hoàn thành nội dung nêu trên và tuân thủ các điều khoản tại hợp đồng và phù hợp với quy định hiện hành. Mặc dù đi vào hoạt động từ năm 2010 song đến nay dự án BOT quốc lộ 2 vẫn chưa được nhà đầu tư ký thanh quyết toán và các hợp đồng điều chỉnh liên quan.