Không thể phủ nhận những đóng góp tích cực của Luật Doanh nghiệp 2006, tạo ra thay đổi căn bản trong việc hoàn thiện khung pháp luật về môi trường kinh doanh, thiết lập môi trường kinh doanh bình đẳng, cân bằng, không phân biệt đối xử. Song bên cạnh những tác động tích cực, Luật Doanh nghiệp còn tồn tại nhiều hạn chế, vướng mắc. Đại diện Viện Nghiên cứu quản lý kinh tế Trung ương thẳng thắn chỉ rõ, cơ quan đăng ký kinh doanh thường tỏ ra lúng túng khi giải quyết thủ tục đăng ký. Cơ quan này chịu trách nhiệm về tính hợp lệ của hồ sơ, giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh sẽ được cấp khi có đủ 5 điều kiện theo Luật.
Trên thực tế, chưa có cách hiểu thống nhất giữa cơ quan đăng ký và doanh nghiệp cũng như các bên liên quan về khái niệm “hồ sơ hợp lệ”. Hậu quả là chủ doanh nghiệp sẽ bị làm khó dễ như yêu cầu bổ sung hồ sơ nhiều lần hoặc nhiều nội dung rất “khó hiểu” theo yêu cầu của cơ quan đăng ký. Rốt cuộc, đây là chuyện “xin phép” thành lập doanh nghiệp chứ không phải là đăng ký thủ tục mà cơ quan công quyền phải phục vụ doanh nghiệp. Ngay cả trường hợp giải thể doanh nghiệp cũng gặp không ít khó khăn, rắc rối.
Có chủ doanh nghiệp phải thốt lên rằng, “muốn… chết mà cũng không được chết”, bởi phải mất rất nhiều thời gian, công sức để hoàn thành thủ tục “báo tử”. Vì vậy, nhiều doanh nghiệp ngừng hoạt động cả năm nhưng không làm thủ tục giải thể. Thậm chí, hàng trăm chủ doanh nghiệp nước ngoài bỏ trốn về nước mà cơ quan quản lý Nhà nước cũng đành bó tay. Muốn giải thể, doanh nghiệp phải hoàn thành rất nhiều thủ tục rối rắm mà phải mất từ 6-9 tháng, nên cách nhanh nhất là “tự động” giải thể, vừa không mất thời gian lại không tốn chi phí. Cho đến nay, có tới 140 nghìn doanh nghiệp “chết lâm sàng” mà không dám giải thể an toàn. Khó khăn không chỉ “dành” cho các doanh nghiệp ngoài Nhà nước, việc thoái vốn cũng là “bài toán” khó đối với doanh nghiệp đang cổ phần hóa. Theo Trưởng ban Kinh tế Trung ương, thoái vốn theo nguyên tắc thị trường nhưng phải bảo toàn vốn Nhà nước, chỉ thuận lợi cho người làm chính sách, nhưng lại làm khó cho doanh nghiệp. Tương tự, cách phân cấp doanh nghiệp theo quản lý của các bộ, ngành, bộ chủ quản là đi ngược lại cơ chế thị trường. Một người cùng một lúc không thể sắm hai vai, vừa quản lý Nhà nước, vừa quản lý kinh doanh.
Chính phủ đã và đang nỗ lực hỗ trợ doanh nghiệp nhanh chóng phục hồi sản xuất, kinh doanh, góp phần kiềm chế lạm phát, thúc đẩy tăng trưởng kinh tế. Bản thân doanh nghiệp cũng phải tự cứu mình để vượt qua giai đoạn khó khăn, thách thức này. Tuy nhiên có những cái khó thuộc về cơ chế, chính sách mang tính hệ thống, dù cố mấy cũng không thể vượt qua.
