Theo Bộ Tài chính, Vinashin đã được hưởng chính sách ưu đãi về thuế đến hết năm 2013 theo Quyết định 1393 - tháng 8-2011 của Thủ tướng. Theo đó, các khoản thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng (VAT) đối với hàng nhập hoặc ủy thác nhập của Vinashin, phục vụ các hợp đồng đóng tàu, công trình bị hủy, dở dang của doanh nghiệp với thời gian không quá một năm. Tuy nhiên, quyết định cũng nêu rõ việc miễn thuế chỉ được áp dụng nếu chậm nhất đến ngày 31-12 của năm, Vinashin hoàn tất các nghĩa vụ thuế (bao gồm tiền thuế và tiền phạt chậm nộp) của năm trước đó.
Do đến hết ngày 31-12-2011, Vinashin và các đơn vị thành viên chưa hoàn thành nghĩa vụ thuế trước đó, doanh nghiệp sẽ không tiếp tục được hưởng chế độ ưu đãi trong năm 2012.
