Trong đó phương án 1 (phương án được Tổng cục Đường bộ lựa chọn), Quỹ Bảo trì đường bộ sẽ được hình thành từ nguồn thu chủ yếu qua đầu phương tiện giao thông, gồm cả ô tô và xe máy, cộng với ngân sách Nhà nước cấp bù cho đủ nhu cầu. Các trạm thu phí nộp ngân sách sẽ được giải thể, các trạm đã bán quyền thu phí hoạt động lâu nhất đến năm 2015. Trên hệ thống vẫn hoạt động các trạm thu phí của nhà đầu tư BOT.
Phương án 2 là Quỹ Bảo trì đường bộ được hình thành qua 3 nguồn thu chủ yếu là thu qua đầu phương tiện (chỉ thu ô tô), thu qua phí xăng và Ngân sách Nhà nước cấp bù thêm cho đủ nhu cầu. Huy động các nguồn thu cho Quỹ sẽ theo lộ trình, trong đó năm đầu đáp ứng được 70% nhu cầu sửa chữa đường bộ, tổng nguồn thu cho Quỹ sẽ đạt được cao nhất đáp ứng toàn bộ nhu cầu sau 5 năm hoạt động.
