Việc thành lập khu rừng quốc gia Yên Tử nhằm mục tiêu bảo tồn và phát triển bền vững sự đa dạng sinh học, giá trị thẩm mỹ của cảnh quan thiên nhiên nhằm tôn tạo các giá trị đặc biệt về văn hóa - lịch sử của triều Trần, một trong những triều đại vẻ vang nhất của dân tộc Việt Nam tại khu vực Yên Tử, đồng thời là nơi phát tích Thiền phái Trúc Lâm. Bên cạnh đó còn là việc bảo tồn, tôn tạo hệ động thực vật rừng, các mô hình rừng có giá trị cảnh quan, di tích lịch sử phục vụ nghiên cứu khoa học, giáo dục môi trường, tham quan du lịch, lễ hội truyền thống.
Khu rừng quốc gia Yên Tử được quy hoạch thành 3 phân khu chức năng: Phân khu bảo vệ nghiêm ngặt diện tích 768,4ha; phân khu phục hồi sinh thái cảnh quan diện tích 1.855,3ha và phân khu hành chính - dịch vụ tiện ích 159,3ha thuộc địa bàn 2 xã: Thượng Yên Công và Phương Đông, thành phố Uông Bí, tỉnh Quảng Ninh.