Theo kết luận kiểm toán, đối với kiến nghị nộp thuế vào Ngân sách Nhà nước (NSNN), tổng số tiền PVN phải nộp ngân sách lên tới trên 185,76 tỉ đồng. Tuy nhiên PVN và các đơn vị thành viên mới chỉ thực hiện nghĩa vụ và nộp vào NSNN 91,388 tỷ đồng, bằng 49% số kiến nghị của KTNN. Số chưa thực hiện vẫn còn tới 94,388 tỷ đồng, bằng 51% số kiến nghị của KTNN.
Một số nguyên nhân khiến PVN chưa thực hiện đã được xác định. Trong đó, hơn 12,7 tỷ đồng tiền thuế thu nhập doanh nghiệp mà Tổng công ty điện lực dầu khí phải nộp thay nhà thầu về tiền lãi vay của Ngân hàng Calyon đang làm thủ tục miễn thuế tại Cục thuế Hà Nội. Bên cạnh đó, còn hơn 81,5 tỷ đồng cũng chưa thanh toán do Tổng công ty Điện lực dầu khí chưa thu được tiền bán điện cho Tập đoàn Điện lực Việt Nam (EVN).
Tính đến thời điểm 8-11-2011 số tiền EVN còn nợ Tổng công ty Điện lực dầu khí gần 12.000 tỷ đồng và phía dầu khí đã đề nghị Công ty mua bán điện thanh toán khoản nợ này trước 31-12-2011. KTNN đề nghị PVN chỉ đạo Tổng công ty điện lực Dầu khí sớm thu nợ EVN khoản này, đồng thời nộp NSNN khoản thuế giá trị gia tăng theo kiến nghị kiểm toán.
KTNN cũng kiến nghị giảm trừ 8,9 tỷ đồng khi thanh quyết toán 3 dự án đầu tư xây dựng cơ bản của PVN gồm công trình đầu tư xây dựng văn phòng Viện Dầu khí, Trung tâm Tài chính Dầu khí và dự án Khách sạn Dầu khí Vũng Tàu. KTNN yêu cầu PVN phải đôn đốc tiến độ, nghiệm thu một số hạng mục chưa hoàn thành, đồng thời cần xác định chính xác giá thị trường với giá trị đầu tư, xác định lợi thế quyền thuê đất và thực hiện đầy đủ nghĩa vụ NSNN.
Đặc biệt, KTNN cũng yêu cầu PVN cần kiểm tra đánh giá các khoản đầu tư liên doanh, liên kết và đầu tư dài hạn không hiệu quả và có biện pháp khắc phục, phòng tránh khả năng mất vốn trong các công ty làm ăn thua lỗ.
