Theo VEC, tổng mức đầu tư ban đầu của dự án (giai đoạn 1) là 1,24 tỷ USD. Tuy nhiên, do chậm trễ trong GPMB, nhà thầu không đáp ứng được tiến độ thi công, biến động trượt giá… khiến tổng mức đầu tư dự án đã tăng thêm 10% so với ban đầu. Song giá đầu tư với dự án Nội Bài – Lào Cai là 6 triệu USD/km, không phải là mức giá cao. Dự kiến mức phí áp dụng trên tuyến này là 1.500 đồng/km, theo hình thức thu phí kín, tương ứng với 400.000 đồng/xe tiêu chuẩn, các loại xe khác sẽ chịu mức thu cao hơn.