Mức lệ phí trông xe qua đêm cao hơn mức quy định từ 20 - 30%. Ngoài ra, bến xe còn có những khoản thu không hợp lý như: Phí vệ sinh, an toàn, an ninh.... Lệ phí ra vào thu vượt đến khoảng 70%.
Theo ông Thạch Như Sỹ, Phó Chánh Thanh tra Bộ GTVT, đoàn thanh tra đề nghị đình chỉ ngay việc thu phí bất hợp lý. Phần thu phí vượt sẽ phải hoàn trả lại cho doanh nghiệp...
Trước đó, đại diện hãng xe khách Phương Trang đã “tố” Công ty CP bến xe tàu phà Cần Thơ thu phí ra vào bến quá cao, trong 6 tháng đầu năm, đơn vị này phải trả tới 1,8 tỷ đồng/tháng phí ra vào bến. Bộ trưởng Bộ GTVT Đinh La Thăng đã yêu cầu thanh tra kiểm tra đột xuất sự việc này.