Theo báo cáo kiểm toán, năm 2011 lợi nhuận trước thuế của Petrolimex âm 1.423,46 tỷ đồng (trong đó, khối đơn vị kinh doanh xăng dầu lỗ trước thuế 2.358,77 tỷ đồng, các công ty con lãi 841,29 tỷ đồng).
Nếu tính cả các khoản chênh lệch lỗ do định giá lại các khoản đầu tư chứng khoán tại thời điểm chuyển doanh nghiệp 100% vốn nhà nước sang công ty cổ phần (949 tỷ đồng), thì Nhà nước sẽ phải xem xét, xử lý tồn tại khi bàn giao sang công ty cổ phần là 3.413 tỷ đồng.
Kết quả kinh doanh của Petrolimex đã cho thấy giá trị phần vốn nhà nước, vốn chủ sở hữu của tập đoàn này đã giảm đáng kể do kinh doanh xăng dầu thua lỗ và chênh lệch định giá lại các khoản đầu tư chứng khoán. Petrolimex đã đầu tư khá lớn vào các lĩnh vực bất động sản, ngân hàng, bảo hiểm với giá trị hơn 1.534 tỷ đồng – tương đương 15,69% vốn chủ sở hữu.
Nguyên nhân dẫn đến số thua lỗ khá lớn nói trên, theo KTNN, chủ yếu do chênh lệch tỷ giá ngoại tệ tăng cao đột biến (riêng nguyên nhân này làm lỗ 1.853 tỉ đồng). Các nguyên nhân khác được nêu ra: giá bán lẻ nhiều giai đoạn thấp hơn giá cơ sở do liên bộ Tài chính, Công thương quy định; chi phí kinh doanh tăng do tiền thuê đất, tiền lương, chi phí vận chuyển tăng… Tuy nhiên, KTNN cũng cho rằng các khoản thua lỗ này còn có những nguyên nhân về quản trị khác.
Mặc dù kinh doanh khó khăn, tiền vốn còn hạn hẹp nhưng Petrolimex vẫn có những quy định về chi tiêu, tiền lương không hợp lý. Tại công ty mẹ của tập đoàn, tổng quỹ tiền lương năm 2011 trên 60,36 tỉ đồng, tăng 1,6 lần so với năm 2010.
Tiền lương thực tế bình quân của cán bộ, nhân viên làm việc tại công ty mẹ, mặc dù giảm 1,7% so với năm 2010 nhưng vẫn ở mức khá cao: 20,96 triệu đồng/người/tháng, bằng 1,75 lần so với mức lương khối văn phòng ở các công ty thành viên trực thuộc.
