Theo Giám đốc Sở GT-VT Nguyễn Quốc Hùng, việc thu phí lưu hành phương tiện giao thông có thể góp phần làm giảm ùn tắc và tai nạn giao thông, đặc biệt trong giờ cao điểm. Tuy nhiên, vẫn còn một số nội dung cần làm rõ xung quanh đề xuất thu phí. Cụ thể, trong 13 danh mục phí, lệ phí thuộc lĩnh vực giao thông vận tải ban hành kèm theo Pháp lệnh số 38/2001/PL-UBTVQH10 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội chưa có mục phí lưu hành đối với phương tiện giao thông hoạt động trong khu vực nội thành giờ cao điểm. Vì vậy, để triển khai được phương án, cần trình UBTVQH bổ sung loại phí này.
Ngoài ra, việc thu phí hiện nay chỉ có thể thực hiện được bằng phương pháp thủ công, chưa có điều kiện thu phí tự động như một số nước đã áp dụng. Do đó, việc thu phí có thể dẫn tới ùn tắc cục bộ tại các chốt thu phí như thực tế đang diễn ra tại các trạm thu phí đường bộ. Với đặc thù giao thông Hà Nội, mật độ phương tiện trong nội thành quá lớn, vượt quá khả năng lưu thông của các nút giao thông từ 2-4 lần trong giờ cao điểm, việc lập chốt thu phí càng khó khăn hơn nhiều.
