Theo Nghị định mới ban hành, Cảnh sát biển Việt Nam là lực lượng chuyên trách của Nhà nước, hoạt động theo các quy định của pháp luật Việt Nam; tôn trọng và tuân thủ các điều ước quốc tế mà nước Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam là thành viên.
Theo Nghị định, cụm từ “Cục Cảnh sát biển” được thay đổi thành “Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển”, “Cục trưởng Cục Cảnh sát biển” thay đổi thành “Tư lệnh Cảnh sát biển”. Bộ trưởng Bộ Quốc phòng chịu trách nhiệm trước Thủ tướng Chính phủ, Quốc hội về quản lý Nhà nước đối với lực lượng Cảnh sát biển Việt Nam, trực tiếp chỉ đạo hoạt động của lực lượng Cảnh sát biển Việt Nam.
Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển có tư cách pháp nhân, có tài khoản và con dấu có hình Quốc huy, được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước, có trụ sở tại thành phố Hà Nội; kinh phí hoạt động do ngân sách Nhà nước cấp và được ghi riêng một mục trong tổng kinh phí hoạt động của Bộ Quốc phòng. Tư lệnh, Chính ủy, Phó Chính ủy và các Phó Tư lệnh Cảnh sát biển do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm theo đề nghị của Bộ trưởng Bộ Quốc phòng.
Nghị định 96/2013/NĐ-CP ó hiệu lực thi hành từ ngày 12-10-2013.
