Theo Tổng cục Đường bộ, từ khi nghiệm thu bàn giao đưa vào sử dụng (năm 2005), hầm đường bộ Hải Vân được giao cho các cơ quan quản lý, vận hành, bảo trì và khai thác đúng như quy định tại quy trình. Tính đến nay, qua hơn 7 năm khai thác, tuy có một vài sự cố nhưng hầm đã được vận hành đảm bảo giao thông thông suốt.
Cụ thể, cuối năm 2012, vỏ hầm chính có hiện tượng nứt ở đỉnh vò. Ngay sau đó, Tổng cục đã chỉ đạo đơn vị khai thác hầm theo dõi diễn biến các vết nứt, lập hồ sơ theo dõi để xử lý kịp thời khi có biểu hiện phát sinh nứt lớn. Ngoài ra, Tổng cục Đường bộ cũng nhìn nhận, một loạt các linh kiện, thiết bị tại các hệ thống khác cũng đã bị hư hỏng, xuống cấp cần sửa chữa, thay thế.
