Theo quy định của Chính phủ, Quỹ BTĐB Trung ương là Quỹ của Nhà nước, có tư cách pháp nhân, có con dấu, tài khoản mở tại Kho bạc Nhà nước và có trụ sở đặt tại Hà Nội. Hội đồng Quỹ có nhiệm vụ đề xuất điều chỉnh các quy định liên quan đến nguồn thu của Quỹ và phê duyệt kế hoạch tài chính (thu/chi); phân chia phí sử dụng đường bộ thu với ôtô hàng năm cho các Quỹ BTĐB tại các địa phương. Chủ tịch Hội đồng sẽ là người đại diện pháp luật và chủ tài khoản, chịu trách nhiệm quản lý tài chính, tài sản cũng như việc điều hành Quỹ trước Thủ tướng Chính phủ.
