Hành vi gian lận của Lê Doãn Phong bị Công ty BMC phát giác, tố cáo đến CQĐT Bộ Công an. Ngày 15-8-2012, CQĐT đã tống đạt quyết định khởi tố bị can, lệnh tạm giam đối với Lê Doãn Phong về hành vi lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản.
Theo điều tra của cơ quan công an, từ cuối năm 1999 đến tháng 12-2004, với chức danh chuyên viên Phòng Kinh doanh xuất nhập khẩu, ông Phong đã thực hiện hàng chục hợp đồng kinh tế theo phương thức: liên hệ đối tác, nguồn hàng, lập phương án kinh doanh trình giám đốc công ty duyệt. Nếu phương án kinh doanh được duyệt, ông Phong phải làm bản cam kết thực hiện đúng phương án kinh doanh, đảm bảo hiệu quả, hoàn đủ vốn, lãi cho công ty và cá nhân phải chịu bồi thường về tài chính nếu xảy ra thiệt hại cho công ty. Để hoạt động kinh doanh hiệu quả, Công ty BMC sẽ ứng tiền để ông Phong thực hiện hợp đồng. Các khoản tiền gốc, lãi thu được khi thực hiện phương án, Lê Doãn Phong phải nộp về Công ty BMC.
Từ năm 2000 đến 2004, Công ty BMC đã chi cho ông Phong và các đối tác (theo đề nghị của ông Phong), tổng số tiền hơn 216 tỷ đồng. Ông này đã thanh toán với Công ty BMC số tiền hơn 189 tỷ đồng, còn nợ hơn 71 tỷ đồng. Số tiền nợ trên, Lê Doãn Phong giải trình là do khách hàng nợ tiền, hàng còn tồn đọng. Tuy nhiên qua xác minh, CQĐT có đủ tài liệu xác định giải trình của Lê Doãn Phong là gian dối nhằm hợp thức số tiền thiếu hụt. Đơn cử như khi Công ty BMC yêu cầu giải trình khoản nợ, Lê Doãn Phong trình bày có 27 đơn vị mua hàng còn nợ tiền với tổng số gần 13 tỷ đồng và hàng còn tồn kho gửi tại nhiều đơn vị trị giá hơn 31 tỷ đồng. Nhưng khi xác minh tại các đơn vị trên, chỉ có số hàng trị giá… hơn 1,1 tỷ đồng. Còn lại toàn bộ số liệu giải trình của ông Phong đều không có thực.
Có lẽ ý thức được hành vi sai phạm, nên từ năm 2009 đến nay, ông Phong không đến cơ quan công tác, thường xuyên thay đổi chỗ ở và không liên lạc với bất kỳ đồng nghiệp nào. Đáng chú ý, sau tháng 10-2003, ông Phong còn được cất nhắc từ vị trí chuyên viên Phòng Kinh doanh xuất nhập khẩu của Công ty BMC lên làm giám đốc chi nhánh doanh nghiệp này tại Hà Nội.
